小燕鷗在台灣本島的蘭陽溪口、桃園沿海、彰化崙尾及嘉義布袋等地區都有穩定的繁殖族群，每區數量介在數十隻至數百隻不等。個人也在彰化福寶一處礫石空地發現一巢繁殖紀錄，可見牠們偏好在海岸開闊的砂礫地築巢，而在蘭陽溪品則以砂灘地為主，每巢會有1至3枚卵，由雌雄鳥輪流孵卵和育雛（以雌鳥為主，雄鳥主要負責捕魚回巢餵食母鳥及幼雛，但會短暫接手護巢工作）。
桃園野鳥協會結合政府公部門在竹圍港、大園許厝港及觀音海岸等處建立了較適合小燕鷗育雛的棲地，周圍圍上黑網阻隔，並放置一些小燕鷗模型以吸引有群體育雛的小燕鷗來這些區域育雛，前幾年效果不錯，但去（2023）年竹圍漁港及許厝港則無成功案例，不知是人為干擾因素（有解說活動及許多攝影愛好者前來）或是沿海魚獲變差所致。
繁殖季節初期，公鳥為了吸引母鳥，會把小魚叼到心上人面前獻殷勤。有時公鳥會先將「愛的禮物」餵給母鳥，有時則是在交配進行中餵食。如果母鳥答應了公鳥的追求，她的身體會往下壓，而公鳥則在母鳥身旁「熱機」數分鐘後，才跳上母鳥背部，快速完成交配。每年五月在大園許厝港退潮時的灘地上就容易見到這種畫面，不過近2年（2023、2024）群聚的小燕鷗數量不如往年，今年個人運氣不錯，幸運紀錄到。
配對後，小燕鷗會選擇平坦的開闊地或起伏不大的緩坡，大略地以雙腳扒出一個淺坑，然後下蛋。每個巢的窩卵數為1至3顆，卵殼顏色為乳白中帶點黃褐，並佈滿不規則的淺黑色斑塊，親鳥輪流孵蛋，在烈日下親鳥會從水域沾濕腹羽帶回巢位為寶貝蛋降溫。幼鳥剛出生時還能見到嘴喙前端金屬光澤的小點、（另有剛破殼而出的畫面：福寶、竹圍漁港），這是幫助小燕鷗破殼而出的利器，出生後不久就會褪去。親鳥則會將蛋殼叨走避免天敵查覺威脅。
聽說去（2023）年小燕鷗的繁殖區移到了許厝港南方的草漯地區，只是不曉得位置在何處？是否有減低干擾的阻措施等……個人開始記錄竹圍漁港小燕鷗時是用偽帳架設在巢位附近苦等，仍然見到一些攝影人大喇喇地拍攝，每次見到受驚嚇的親鳥，心中都覺得十分不忍，所以也不會特地去尋找這些繁殖棲地。
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